水稻的根系属于须根系。通常情况下，约占总根量的90%的根系分布在0-20厘米的土层中。根据发根的部位不同，水稻根可以分为种子根和不定根。
关于水稻的根，庄稼老把式有这么一句话，“交人交心，育苗育根，育根要育种子根。”
水稻发芽时，最先长出的是胚根，以后发育成种子根。种子根只有一条，在幼苗期具有吸收作用，以后枯死。种子根是由种子的胚根直接发育而成的根。种子根上发生分枝根，形成种子的根系。种子根垂直向下生长，除支持幼苗生长外，主要在幼苗期起吸收水分和营养的作用，以后衰老而死，寿命极短。种子根的发生和良好的生长，有利于提高稻种的出苗率和秧苗整齐度。可见种子根的重要性。
不定根是从茎的基部各节由下而上依次发生的根。从芽鞘节上长出来的根，成为芽鞘节根。在秧苗两叶期内发生的不定根，共有5条，因其短白粗壮、形似鸡爪而俗称鸡爪根，鸡爪根对扎根立苗极为重要。随着稻株生长，每一节上都能发生大量的冠根，一般每节发生5-25条根。不定根上能发生分枝根，直接从不定根上发出的分枝根称为一次分枝根，一次分枝根可发生二次分枝根，二次分枝根又可发生三次分枝根。分枝根粗而长，次数多的稻株生长健壮，分枝根细而短、次数少的稻株生长差，优质高产的稻株根系可发生五次、六次分枝根。由不定根与不定根上发生的分枝根组成不定根系，数量多、寿命长，是水稻根系中最重要的部分，稻株的生长发育主要靠不定根系吸收肥料和水分。在水稻生长上，必须通过有效的调控措施，不断促进根和分枝根的发生，并促进根尖不断生长，形成根系深广，吸收面积大的根群，以满足水稻优质高产所需的营养和水分供应。
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